組込機器のCOMポートを順番に認識させようとしたら詰んだ話

目的

構成

機器の構成は以下の通りです。
　PC　＜USB＞　　　　　　　FT231XS(1)　＜UART＞　Arduinoマイコン(1)
　PC　＜USB＞＜制御信号＞　FT231XS(2)　＜UART＞　Arduinoマイコン(2)

• ホストPCとマイコン(1)(2)を接続
• FT231XS(1)はUSB接続のみで電源ON
• FT231XS(2)はマイコン(1)からの制御信号で電源ON

以下の様な順番で動作する想定でした。

1. 両機器をUSB接続、FT231XS(1)のCOM認識
2. マイコン(1)にプログラム書込
3. マイコン(1)からの制御信号でFT231XS(2)の電源ON、COM認識
4. マイコン(2)にプログラム書込
5. 両マイコンが正常動作

不具合

2. の後の動作がおかしい。FT231(2)の電源のON/OFFが切り替わり続けてしまい、COMが認識されたり見えなくなったりを繰り返します。
数十秒後放置すると正常動作しますが、、、

原因

次のような動作が実際は起きていました。

1. マイコン(1)からの制御信号でFT231XS(2)の電源ON
2. FT231XS(1)のDTR信号がHIGH→LOW
3. マイコン(1)がリセット
4. 制御信号がなくなるのでFT231XS(2)の電源OFF
5. マイコン(1)が再起動
6. 1～5のリピート

PCを2台にして別々のPCにそれぞれの機器を接続したら動作したので、1台のPCだと同じデバイスだとPCが判断して両方のUSB端子からDTR信号を動かしていたのでしょうか？